吉木萨尔县中医医院建院于1984年1月15日，是一所集医疗、预防保健、科研、教学于一体的二级甲等中医医院。总占地面积33315平方米(50亩)，建筑总面积9926.82平方米。

编制床位150张，开放床位150张，现有职工191人，本科学历35人、研究生学历3人，大专学历67人、现有专业技术人员163人，其中：正高级职称专业技术人员3人、副高级职称专业技术人员15人、中级职称专业技术人员20人。

临床学科设有：针灸科、推拿科、理疗科、康复科、骨伤科、肛肠科、内科、儿科、外科、妇科、疼痛科、急诊科、麻醉科共14个临床科室。

医技科室设有：影像科(CT室、DR拍片室、胃肠室、彩超室、心电图室)、药剂科、检验科、消毒供应室4个医技科室。

门诊科室设：针灸推拿理疗康复科、脾胃科(消化科)、心病科(心血管内科)、肺病科(呼吸内科)、内分泌科、消渴病科(糖尿病)、脑病科(神经内科)、老年病科、肝病科、普外科(微创外科)、骨伤科、肛肠科、神经外科、泌尿外科、肿瘤科、妇科(妇幼保健)、儿科、皮肤科、疼痛科、治未病室(预防保健)、体检室、内镜室(支气管镜、胃镜、肠镜)。

职能科室设：行政办、财务科、医务科、护理部、药械科、总务科等职能科室。

医院医疗设备有：东芝十六排螺旋CT、东软数字化DR拍片机、东软数字胃肠机、南京普爱数字化中C型臂、骨伤科小C型臂、电子胃镜、电子肠镜、电子支气管镜、飞利浦IU22彩超、颈颅多普勒、脑电图、动态心电、动态血压、肺功能测试仪、全自动生化分析仪、免疫分析系统、全自动血凝分析仪、全自动血流变仪、血气分析仪、腹腔镜、硬式和软式胆道镜、微创保胆及碎石系统、宫腔镜、电子支气管镜、电子胃镜、电子肠镜、前列腺和子宫电切镜、电动子宫旋切器、颅内血肿微创清除系统及手术辅助定位器、麻醉机、手术无影灯、高频电刀、多功能综合手术床、呼吸机、心电监护仪、妇科检查台、可视人流系统、消毒供应设备。

中医诊疗设备有：腰椎间盘突出复位机、多功能牵引床、电脑三维多功能牵引设备、红外偏振光治疗仪、骨伤治疗仪、智能汽疗仪、磁振热治疗仪、上下肢主不被动治疗仪、神经肌肉电刺激治疗仪、经络通治疗仪、偏振光疼痛治疗仪、肝病治疗仪、汽疗仪、多功能艾灸治疗仪、电针针灸仪、多功能肛肠综合治疗仪、纤维结肠镜、结肠灌洗机、结肠水疗仪、肛肠检查治疗仪、DKSW多功能康复床、康复训练设备、极超短波治疗仪、微波多功能治疗仪、中药熏蒸治疗仪、中频治疗仪、膏方包装机、液体真空浓缩煎药机、煎药机等医疗设备。

我院以针灸推拿理疗康复、中医骨伤、中医肛肠、中医妇科、中西医结合儿科、微创外科为特色专科。针灸推拿理疗康复科开展针灸、推拿、理疗、康复，治疗项痹(颈椎病、颈椎骨质增生)、腰痹(腰椎间盘突出、腰椎骨质增生)、膝痹(关节病、风湿类风湿性关节炎)、中风病(脑梗塞、偏瘫)、小儿脑瘫、脑外伤综合症、面瘫(面神经麻痹、三叉神经痛)、皮肤病(荨麻疹、湿疹、银屑病等)。骨伤科开展无痛中医正骨及手术，并结合中药内服外洗康复治疗各类骨折、骨病等。肛肠科开展无痛电子肠镜和手术治疗内痔、外痔、混合痔、肛裂、肛瘘、肛旁脓肿、结肠炎等肠道疾病。妇科开展中西医结合治疗痛经、崩漏(子宫功能性出血)、癥瘕(子宫肌瘤、囊肿)、盆腔炎、脏躁(围绝经期综合征)、不孕不育等。儿科运用针灸、穴位贴敷、中药灌肠、小儿捏脊推拿等中医特色方法治疗感冒(上呼吸道感染)、咽痛(扁桃体炎、咽喉炎)、咳嗽(支气管炎、肺炎)、腹泻病等疾病。微创外科开展胁痛病(胆囊息肉、胆囊结石、胆管结石)微创保胆治疗、中风病(高血压脑出血)微创治疗等。

我院以“中医立院、服务树院、文化建院、科技强院”为立院之本，秉承“厚德、博学、传承、创新”的精神理念，充分体现 “简、便、验、廉”的中医药特色，中西医结合，服务于各族人民群众。